1、实验室坚持“开放、流动、联合、竞争”的开放运行管理机制，根据重点实验室建设管理的有关规定，实验室设学术委员会，实验室主任、副主任。

2、实验室实行学术委员会领导下的主任负责制。学术委员会根据重点实验室建设的要求，对实验室的发展方向、总体目标、具体任务等提出建设意见，做出决策。实验室主任负责组织实施，对实验室科学研究、学术交流、财务、专职人员聘任、研究生教育、资产、行政后勤、安全卫生等实行统一管理。实验室内一切重大事宜均须经实验室主任或副主任同意后方可实施。

3、根据实验室的建设任务、研究目标以及主要研究方向与研究内容，实验室设“病害综合治理”、“虫害综合治理”、“无公害生产技术”、“特色果蔬质量安全监测”4个研究室和1个“产品安全测试室”。

4、每个研究室设1名研究室主任，由实验室主任聘任或指定，其职责是协助实验室主任管理各研究室。

5、每个研究室设2~3个课题组。每个课题组设1名课题组组长，由研究室主任指定，其职责是协助研究室主任管理各课题组。

6、实验室管理办公室协助主任、副主任处理日常事务。